Por volta de 1839, foi construída uma capela dando origem à primitiva povoação local. O território, inicialmente, pertencia à sesmaria da região de Araraquara e era cortado pelas trilhas de expansão de Minas para o interior do Estado.

Os primeiros a se fixarem na região foram famílias mineiras "Gente que estava apenas abandonando o sonho das minas para substituí-lo pelo sonho da permanência, do plantio, da fixação 'a terra" - BUSSAB(1992).

Brotas tornou-se distrito de Araraquara em 1841, sendo em 1853 transferido para Rio Claro e tornou-se município em 22 de agosto de 1859. O aniversário da cidade é comemorado no dia 03 de maio, por ocasião de uma antiga comemoração católica, a de Santa Cruz.

Brotas teve sua fase de maior desenvolvimento, na década de vinte e trinta, época da expansão do café para o interior paulista. Viveu em função desta atividade econômica até sua crise definitiva. É marcante a presença de imigrantes italianos e seus descendentes que tiveram influência nos rumos políticos da cidade.

A crise do café trouxe um período de estagnação econômica ao município que na época perdeu população para os grandes centros urbanos. A taxa anual de crescimento da população tornou-se positiva à partir da década de oitenta.

Atualmente, o município ainda possui uma economia predominantemente agrícola, onde destaca-se também a agroindústria da cana, que hoje abriga a maior parte da mão-de-obra.

Considerando-se a tradição agropecuária e os recursos naturais do município, cachoeiras, matas preservadas e serras, a atuas administração municipal junto com a população tem desenvolvido uma economia turística, com base no ecoturismo (turismo rural, turismo aventura, como caminhadas, arborismo, esportes de aventura e várias atividades praticadas junto à natureza), que visa uma alternativa de desenvolvimento sustentável para o município.

O NOME: BROTAS

A origem do nome Brotas recebe três hipóteses:
1. Brotas de olho d'água;
2. Brotas de broto de capim (mato que brotava após pousadas de trilheiros);
3. A mais provável vem das origens da fundadora de Brotas. Sendo dona Francisca Ribeiro dos Reis descendente de portugueses católicos e devota de Nossa Senhora das Brotas, teria prestado uma homenagem à Santa, dando seu nome à cidade. Na Capela de Santa Cruz existe uma imagem do século XIX da referida Santa, sendo esta a mais reverenciada naquele país, até o aparecimento de Nossa Senhora de Fátima, em 1917, que se tornou a atual padroeira de Portugal.